Por el año de 1961 nació la idea de separar las sociedades de Otorrinolaringología y Oftalmología que por aquel entonces existían unificadas y así, el 26 de Noviembre de 1962 se dieron cita a la convocatoria la mayoría de especialistas ORL de la ciudad de Guayaquil y se procedió a la Fundación de la Sociedad Ecuatoriana de Otorrinolaringología y Broncoesofagología, núcleo del Guayas. Posteriormente los especialistas de Quito, se agruparon en lo que hoy se conoce como Academia Ecuatoriana de Otorrinolaringología.

A la cita convocada acudieron los doctores Augusto Aguilera Cevallos, Otón Ampuero Navarro, Juan Cevallos Larrea, Juan Durango López, Alfredo Fierro Marchán, Luis Hidalgo Alzamora, David Hilbrón Orellana, Julián Hircht, Fernando López Lara, Carlos Peña Astudillo, Alonso Ramos Aquilar y Augusto Viteri Andino; como síndico el Abogado Dr. Gil Barragán Romero. No asistieron los convocados doctores Salomón Altamirano, Félix Díaz Bravo y Néstor Sánchez Bravo.

A partir de la fundación los primeros 10 presidentes de la misma en orden cronológico y por periodos variables fueron los doctores: Fernando López Lara y Luis Hidalgo Zamora, Carlos Peña Astudillo, Alfredo Fierro Marchán, Carlos Peña Astudillo (reelección interina), Alfonso Ramos Aguilar, Enrique Ortega Moreira, Danny Rodríguez Mora, Jorge Baquerizo Ramírez y Francisco Correa Sojos.

Como hecho importante de la vida de la Sociedad, en el año de 1984 siendo presidente el Dr. Alonso Ramos Aguilar, se recibe a la delegación de la Academia Ecuatoriana de la Otorrinolaringología (Quito) presidida por el Dr. Mauricio Letort y se resuelve apoyar la celebración del Primer Congreso Ecuatoriano de Otorrinolaringología en Quito al que acude una numerosa comitiva de Guayaquil